托马斯、米诺一行人被带到一座神秘的庇护所，这个机构由表里不一的詹森所管理，詹森为他们提供安稳且舒适的环境，并下令让幽地斗士们在医疗实验室中接受一连串的测试，詹森向托马斯保证将会把他们送到更加安全的保护区与其他对“闪焰症病毒”免疫的年轻人一同居住察觉事有蹊跷的托马斯决定再次带领他的伙伴们逃出詹森的掌控，然而等待他们的，却是比迷宫更加危险的焦土。影片改编自詹姆斯·达什纳撰写的同名反乌托邦科幻小说三部曲的第二部。