故事的主角是一个北海道的学生修次。他的同班同学千濑在故事开始的时候就已向修次表白了。但因为千濑的害羞性格和修次的不善辞令，所以他们就以写交换日记来开始他们的情侣关系。 一日，当修次和朋友到札幌购物的时候，不明来历的轰炸机对札幌进行了猛烈的轰炸。修次和他的朋友找地方作掩护时，他见到了一个快速的小型飞行物体向敌军的轰炸机进行攻击。修次和他的朋友失散了之后，他在废墟堆中徘徊。当他在废墟堆当中见到了增生了翅膀、武器、不再心跳且衣着破烂的千濑之后，千濑告诉了他，她已经成为了日本自卫队的“最终兵器”，故事于是开始……