故事的舞台是2030年前后的日本首都·超东惊。人类通过“搭档对战”，开始与称作“亲近界”的异世界居民进行交流。所谓搭档对战，是指由获选的人类“搭档斗士”与异世界的居民（搭档怪兽）组成伙伴，进行对战的卡片游戏。这样的对战有时甚至将左右一国的命运，将搭档怪兽的力量用作恶途的事件也时有发生。相棒学园小学部6年级学生，未门牙王。他也憧憬着搭档对战，希望终有一日能与怪兽组成搭档。一天，牙王发现一名少年被不良少年围困，出于正义感而使用擅长的合气柔术救助了少年。有一只遥远异世界的怪兽关注到了牙王的行为。那只怪兽就是龙族世界之英雄的孩子，“冲击钻突贯龙”。冲击钻中意能打破常识的牙王，与他契约成为搭档。本剧讲述的是被搭档怪兽选择的主人公，通过搭档对战与搭档跟同伴不断加深羁绊，不断成长的故事。